Las desventajas de la aerotermia son:
1. No es adecuado en climas muy fríos. Como es lógico, al ser un sistema que obtiene calor del aire exterior, en zonas muy frías el rendimiento será considerablemente menor que en climas algo más cálidos. No quiere decir que no sea eficiente, sino que no lo será tanto.
2. Alta inversión inicial. La instalación de una aerotermia es más costosa que la instalación de otros sistemas de calefacción o refrigeración como podrían ser los aires acondicionados o las calderas de gas. Además, podría suponer modificaciones si la vivienda no está preparada para la instalación de una aerotermia.
3. Requiere espacio. Tanto en el interior de la vivienda, como en el exterior, lo que puede suponer una complicación si el espacio es limitado.
4. Aumento de potencia contratada. Al ser un sistema que utiliza electricidad sería necesario aumentar la potencia contratada en la vivienda y también supondría un aumento considerable de consumo si la aerotermia está en funcionamiento. Por otro lado, también se reduciría considerablemente o incluso a cero, el consumo de otras fuentes de energía como puede ser el gas.
